O grande diferencial do mercado farmacêutico é a possibilidade da associação de ativos. Dessa forma, é permitido agrupar vários princípios ativos em uma só fórmula, o que possibilita com um mesmo produto várias ações terapêuticas.

As farmácias de manipulação fornecem o mesmo medicamento em diversas formas, apresentações e concentrações, permitindo uma melhor adequação ao que o paciente realmente precisa.

Mesmo quando a indústria interrompe a fabricação de medicamentos, é possível ter acesso a esses medicamentos nas farmácias de manipulação, de forma segura e eficaz.

Podem ocorrer problemas com as matérias-primas na comercialização de produtos, quando industrializados, e ocorrer a falta do mercado. Diante disso, é possível utilizar os medicamentos manipulados para suprir essa necessidade.

Com o tratamento sob medida é possível evitar desperdício de medicamentos. Dessa forma, é preparada uma formulação na quantidade exata para o período de tratamento.

A nutrição parental total (necessária nos casos em que a alimentação convencional não é possível, sendo preciso a absorção de nutrientes), assim como outros cuidados que devem ser realizados em pacientes que estão em casa, podem ser encontrados na manipulação.

A manipulação pode oferecer várias associações, o que torna possível devido a personalização das fórmulas, o que pode auxiliar pacientes como, por exemplo, doentes terminais, alérgicos e atletas.

A terapia para paciente em fase terminal acaba exigindo a manipulação de medicamentos com objetivo de aumentar a qualidade de vida e reduzir o desconforto causado pelos sintomas da doença. Geralmente esses pacientes estão muito debilitados para ingerir medicamentos e com a manipulação é possível utilizar de alternativas para que ele utilize, seja por via tópica, inalação, entre outros.

Quem convive com alguma doença rara tem dificuldade em encontrar tratamento nas terapias convencionais, justamente por conta da inviabilidade de produção devido ao consumo pequeno ou falta de condições financeiras para aquisição. Nesse caso, a manipulação acaba sendo a solução para os medicamentos que não estão no mercado.

Os medicamentos intravenosos administrados em hospitais, em sua maioria, são manipulados.

O mercado magistral acaba suprindo a necessidade do mercado veterinário para atender os diversos tratamentos, pois há uma restrição de medicamentos disponíveis para esse uso, específicos apenas para uma pequena quantidade de doenças ou problemas de saúde.